一個自動化立體倉庫項目能否持續安全穩定的運行，最初的設計和建設是基礎。沒有合理的設計、高質量的建設、安裝，必然會給后期的運行和運作帶來麻煩，也會給后期的安全管理埋下隱患。
自動化立體倉庫項目在規劃設計時需要考慮的因素較普通立庫項目更加復雜，如需要綜合考慮庫內儲存物的情況，如物料的特征、外形尺寸、單件質量等參數；要考慮建設倉庫今后物流運作情況，如平均庫存量、最大庫存量等出入庫流量及其它相關的條件，甚至包括包裝形式、搬運形式、出庫及運輸工具，以及企業的管理水平、企業的后期發展規劃等因素。
如今，物流系統項目規模不斷擴大，復雜度日益提升，這些無疑都加大了物流系統項目建設的難度。安全管理是建設項目的重要組成部分，如有些大型物流設備安裝對進入場地的道路有要求；有些物流設備對于建筑物空間、地基的承載力、水電氣等條件有要求等。針對這些安全需求，都需要項目建設方提早了解，做出方案。
自動化立體倉庫項目在設計、制造、安裝時要嚴格按照相關規范操作。2012年4月1日，工業和信息化部批準發布了《自動化立體倉庫設計規范》，要求設計時要確定出貨架結構的工藝荷載、制造精度、基礎沉降要求、供電、通風、照明、防火等多方面的要求以確保整體系統的總體設計要求。如自動化立體倉庫中的消防問題，設計時就要考慮到消防通道問題、防火涂料問題，做好結構設計和消防設計。我們國家的消防講究物防加技防，刷防火涂料，保證它的耐火時間。
高層貨架是自動化立體倉庫的主體設備，在降低倉庫投資成本、改善工作環境、提升空間利用率的同時，由于其形成貨物密集和向上較高空間的存儲形式，也給項目本身和物流作業帶來了一定風險。如由于貨位傾斜或者放置或搬運貨物不當，造成存儲貨物的高空墜落，在造成存儲貨物損失的同時，還容易造成設備或人員的傷害。而如果立體貨架出現傾倒或者倒塌，那更是嚴重的安全事故。
除了日常對設備狀況的監控，定期的維護保養也是十分必要的。自動化立體倉庫使用周期很長，定期維護保養十分必要。很多自動化立體倉庫貨架承載較大，易引起貨架變形、地面沉降等問題，對圍護結構也可能會有一定程度的影響，因此后期需要定期勘測測量，保證倉庫整體安全。隨著系統的復雜程度增高，自動化立體倉庫故障產生的概率也增加了。要引導客戶做好設備定期的維保工作，讓設備始終處于良好的工作狀態，最大程度降低設備故障引發的安全問題。
